
Il est vraisemblable que les armaillis suisses aient préparé la fondue depuis des siècles, avec les restes de fromage et de pain. La recette est décrite pour la première fois en 1699 dans un manuscrit zurichois publié par Albert Hauser : Pour cuire le fromage avec du vin. Dans sa fameuse Physiologie du goût (1825), Brillat-Savarin cite la fondue, « originaire de la Suisse », qui serait un « mets antique » et il cite un évêque du Belley à qui l’on en servit une pour son intronisation, à la fin du 17ème siècle. Sa recette comporte alors du fromage, du beurre et des œufs.
La recette actuelle, comportant du vin et du fromage, n’a été publiée dans un livre de l’Ecole ménagère de Zurich qu’en 1885 et son origine n’est pas alpine mais citadine. Elle ne devint réellement populaire que lorsque l’armée suisse l’intégra à ses livres de cuisine dans les années 1950 et après que la Suisse la servit aux visiteurs internationaux de l’Exposition universelle de 1940.